Index

A

a_p (pylorenzmie.theory.Dimer.Dimer attribute) (pylorenzmie.theory.Sphere.Sphere attribute), [1] ab() (pylorenzmie.theory.Particle.Particle method) (pylorenzmie.theory.Sphere.Sphere method) Aberrated() (in module pylorenzmie.theory.Aberrated)

AberratedLorenzMie (class in pylorenzmie.theory.Aberrated) add() (pylorenzmie.utilities.vmedian.VMedian method) analyze() (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame method) append() (pylorenzmie.analysis.Trajectory.Trajectory method) avg() (in module pylorenzmie.lib.Azimuthal) azimuthaloperator() (in module pylorenzmie.lib.Azimuthal)

B

bboxes (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame attribute) (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame property)

C

CircleTransform (class in pylorenzmie.lib.CircleTransform) circletransform() (in module pylorenzmie.lib.CircleTransform) clear() (pylorenzmie.analysis.Trajectory.Trajectory method) closeEvent() (pylorenzmie.lmtool.LMTool.LMTool method) cls (pylorenzmie.lmtool.LMWidget.LMWidget attribute) Cluster (class in pylorenzmie.theory.Cluster) Coefficients (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject attribute) compute_field_jit() (in module pylorenzmie.theory.numbaLorenzMie) config() (pylorenzmie.lmtool.LMWidget.LMWidget method) configFile (pylorenzmie.lmtool.LMWidget.LMWidget attribute) coordinates (pylorenzmie.analysis.Feature.Feature property) (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame attribute) (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame property)

Coordinates (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject attribute) coordinates (pylorenzmie.theory.LorenzMie.LorenzMie attribute) (pylorenzmie.theory.LorenzMie.LorenzMie property) crop() (pylorenzmie.analysis.Localizer.Localizer method) (pylorenzmie.lmtool.LMTool.LMTool method) culorenzmie() (pylorenzmie.theory.cupyLorenzMie.cupyLorenzMie method) culorenzmief() (pylorenzmie.theory.cupyLorenzMie.cupyLorenzMie method) cupyLorenzMie (class in pylorenzmie.theory.cupyLorenzMie) cupyOptimizer (class in pylorenzmie.analysis.cupyOptimizer) cycled (pylorenzmie.utilities.vmedian.VMedian property)

D

d_p (pylorenzmie.theory.Sphere.Sphere property) data (pylorenzmie.analysis.cupyOptimizer.cupyOptimizer property) (pylorenzmie.analysis.Feature.Feature property) (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame property) (pylorenzmie.analysis.Trajectory.Trajectory property) data() (pylorenzmie.lmtool.ImageWidget.ImageWidget method) (pylorenzmie.lmtool.LMTool.LMTool method) (pylorenzmie.lmtool.ProfileWidget.ProfileWidget method)

decimals() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) density() (in module pylorenzmie.utilities.water) detect() (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame method) (pylorenzmie.analysis.Localizer.Localizer method) Dimer (class in pylorenzmie.theory.Dimer) double_precision (pylorenzmie.theory.cupyLorenzMie.cupyLorenzMie property)

E

estimate() (pylorenzmie.analysis.Estimator.Estimator method) (pylorenzmie.analysis.Feature.Feature method) (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame method) (pylorenzmie.lmtool.LMTool.LMTool method) Estimator (class in pylorenzmie.analysis.Estimator) example() (in module pylorenzmie.lib.CircleTransform) (pylorenzmie.analysis.Estimator.Estimator class method) (pylorenzmie.analysis.Feature.Feature class method) (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame class method) (pylorenzmie.analysis.Localizer.Localizer class method) (pylorenzmie.analysis.Mask.Mask class method) (pylorenzmie.analysis.Optimizer.Optimizer class method) (pylorenzmie.analysis.Trajectory.Trajectory class method) (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject class method) (pylorenzmie.lmtool.ImageWidget.ImageWidget class method) (pylorenzmie.lmtool.LMWidget.LMWidget class method) (pylorenzmie.lmtool.OptimizerWidget.OptimizerWidget class method) (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget class method) (pylorenzmie.lmtool.ProfileWidget.ProfileWidget class method) (pylorenzmie.theory.Dimer.Dimer class method) (pylorenzmie.theory.LorenzMie.LorenzMie class method) (pylorenzmie.theory.Sphere.Sphere class method)

example_hologram() (in module pylorenzmie.utilities.example_hologram) exclude (pylorenzmie.analysis.Mask.Mask attribute)

F

Feature (class in pylorenzmie.analysis.Feature) features (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame attribute) (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame property) Field (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject attribute) field() (pylorenzmie.theory.cupyLorenzMie.cupyLorenzMie method), [1] (pylorenzmie.theory.LorenzMie.LorenzMie method) filename() (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget method) filter() (pylorenzmie.utilities.vmedian.VMedian method)

FitWidget (class in pylorenzmie.lmtool.FitWidget) fixed (pylorenzmie.analysis.Optimizer.Optimizer property) fixed() (pylorenzmie.lmtool.LMWidget.LMWidget method) (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) fraction (pylorenzmie.analysis.Feature.Feature property) (pylorenzmie.analysis.Mask.Mask attribute) Frame (class in pylorenzmie.analysis.Frame) from_json() (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject method) from_pandas() (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject method)

G

get() (pylorenzmie.utilities.vmedian.VMedian method) get_image() (pylorenzmie.utilities.h5video.h5video method)

get_time() (pylorenzmie.utilities.h5video.h5video method) goto() (pylorenzmie.utilities.h5video.h5video method)

H

h5video (class in pylorenzmie.utilities.h5video) hologram() (pylorenzmie.analysis.Feature.Feature method) (pylorenzmie.theory.cupyLorenzMie.cupyLorenzMie method) (pylorenzmie.theory.LorenzMie.LorenzMie method)

I

Image (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject attribute) Images (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject attribute) ImageWidget (class in pylorenzmie.lmtool.ImageWidget)

initialized (pylorenzmie.utilities.vmedian.VMedian property) Instrument (class in pylorenzmie.theory.Instrument) instrument (pylorenzmie.analysis.Estimator.Estimator attribute) (pylorenzmie.theory.LorenzMie.LorenzMie attribute)

K

k_p (pylorenzmie.analysis.Estimator.Estimator attribute) (pylorenzmie.theory.Dimer.Dimer attribute) (pylorenzmie.theory.Sphere.Sphere attribute), [1]

kernel() (pylorenzmie.lib.CircleTransform.CircleTransform method)

L

LMObject (class in pylorenzmie.lib.LMObject) LMTool (class in pylorenzmie.lmtool.LMTool) lmtool() (in module pylorenzmie.lmtool.LMTool) LMWidget (class in pylorenzmie.lmtool.LMWidget) localize() (pylorenzmie.analysis.Localizer.Localizer method)

Localizer (class in pylorenzmie.analysis.Localizer) logger (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject property) LorenzMie (class in pylorenzmie.theory.LorenzMie) lorenzmie() (pylorenzmie.theory.LorenzMie.LorenzMie method) (pylorenzmie.theory.numbaLorenzMie.numbaLorenzMie method)

M

mad() (in module pylorenzmie.lib.Azimuthal) magnification (pylorenzmie.theory.Dimer.Dimer attribute) (pylorenzmie.theory.Instrument.Instrument attribute), [1] Mask (class in pylorenzmie.analysis.Mask) mask (pylorenzmie.analysis.Feature.Feature property) mask() (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget method) maximum() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) med() (in module pylorenzmie.lib.Azimuthal) meshgrid() (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject static method) metadata (pylorenzmie.analysis.Optimizer.Optimizer attribute) (pylorenzmie.analysis.Optimizer.Optimizer property) method (pylorenzmie.analysis.cupyOptimizer.cupyOptimizer attribute) (pylorenzmie.analysis.Optimizer.Optimizer attribute) (pylorenzmie.theory.cupyLorenzMie.cupyLorenzMie attribute) (pylorenzmie.theory.LorenzMie.LorenzMie attribute) (pylorenzmie.theory.numbaLorenzMie.numbaLorenzMie attribute) methods (pylorenzmie.utilities.normalizer.Normalizer attribute) mie_coefficients() (pylorenzmie.theory.Sphere.Sphere static method) minimum() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) model (pylorenzmie.analysis.Feature.Feature property) model() (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget method) (pylorenzmie.lmtool.ProfileWidget.ProfileWidget method) module pylorenzmie.analysis.cupyOptimizer pylorenzmie.analysis.Estimator pylorenzmie.analysis.Feature pylorenzmie.analysis.Frame pylorenzmie.analysis.Localizer pylorenzmie.analysis.Mask pylorenzmie.analysis.Optimizer pylorenzmie.analysis.RadialMask pylorenzmie.analysis.Trajectory pylorenzmie.lib.Azimuthal pylorenzmie.lib.CircleTransform pylorenzmie.lib.LMObject pylorenzmie.lmtool.FitWidget pylorenzmie.lmtool.ImageWidget pylorenzmie.lmtool.LMTool pylorenzmie.lmtool.LMWidget pylorenzmie.lmtool.OptimizerWidget pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget pylorenzmie.lmtool.ProfileWidget pylorenzmie.theory.Aberrated pylorenzmie.theory.Cluster pylorenzmie.theory.cupyLorenzMie pylorenzmie.theory.Dimer pylorenzmie.theory.Instrument pylorenzmie.theory.LorenzMie pylorenzmie.theory.numbaLorenzMie pylorenzmie.theory.Particle pylorenzmie.theory.Sphere pylorenzmie.utilities.example_hologram pylorenzmie.utilities.h5video pylorenzmie.utilities.normalizer pylorenzmie.utilities.vmedian pylorenzmie.utilities.water

N

n_m (pylorenzmie.theory.Instrument.Instrument attribute), [1] n_p (pylorenzmie.analysis.Estimator.Estimator attribute) (pylorenzmie.theory.Dimer.Dimer attribute) (pylorenzmie.theory.Sphere.Sphere attribute), [1] neves_pisignano() (pylorenzmie.theory.Sphere.Sphere static method)

next() (pylorenzmie.utilities.h5video.h5video method) nframes (pylorenzmie.utilities.h5video.h5video property) noise (pylorenzmie.theory.Instrument.Instrument attribute), [1] Normalizer (class in pylorenzmie.utilities.normalizer) numbaLorenzMie (class in pylorenzmie.theory.numbaLorenzMie) numerical_aperture (pylorenzmie.theory.Instrument.Instrument attribute), [1]

O

optimizationError (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget attribute) optimizationFinished (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget attribute) optimizationStarted (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget attribute) optimize() (pylorenzmie.analysis.Feature.Feature method) (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame method) (pylorenzmie.analysis.Optimizer.Optimizer method) (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget method) (pylorenzmie.lmtool.LMTool.LMTool method)

optimizeAsync() (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget method) Optimizer (class in pylorenzmie.analysis.Optimizer) OptimizerWidget (class in pylorenzmie.lmtool.OptimizerWidget) order (pylorenzmie.utilities.vmedian.VMedian property)

P

ParameterWidget (class in pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget) Particle (class in pylorenzmie.theory.Particle) particle (pylorenzmie.analysis.Feature.Feature property) (pylorenzmie.theory.LorenzMie.LorenzMie attribute) particles (pylorenzmie.theory.Cluster.Cluster attribute) phi (pylorenzmie.theory.Dimer.Dimer attribute) plotData() (pylorenzmie.lmtool.ProfileWidget.ProfileWidget method) plotTheory() (pylorenzmie.lmtool.ProfileWidget.ProfileWidget method) prefix() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) ProfileWidget (class in pylorenzmie.lmtool.ProfileWidget) properties (pylorenzmie.analysis.Estimator.Estimator property) (pylorenzmie.analysis.Feature.Feature property) (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame property) (pylorenzmie.analysis.Localizer.Localizer property) (pylorenzmie.analysis.Mask.Mask property) (pylorenzmie.analysis.Optimizer.Optimizer property) (pylorenzmie.analysis.Trajectory.Trajectory property) Properties (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject attribute) properties (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject attribute) (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject property) (pylorenzmie.theory.Aberrated.AberratedLorenzMie property) (pylorenzmie.theory.Cluster.Cluster property) (pylorenzmie.theory.Dimer.Dimer property) (pylorenzmie.theory.Instrument.Instrument property) (pylorenzmie.theory.LorenzMie.LorenzMie property) (pylorenzmie.theory.Particle.Particle property) (pylorenzmie.theory.Sphere.Sphere property) properties() (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget method) (pylorenzmie.lmtool.LMWidget.LMWidget method) (pylorenzmie.lmtool.ProfileWidget.ProfileWidget method) Property (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject attribute) propertyChanged (pylorenzmie.lmtool.LMWidget.LMWidget attribute) pylorenzmie.analysis.cupyOptimizer module pylorenzmie.analysis.Estimator module pylorenzmie.analysis.Feature module pylorenzmie.analysis.Frame module pylorenzmie.analysis.Localizer module pylorenzmie.analysis.Mask module pylorenzmie.analysis.Optimizer module pylorenzmie.analysis.RadialMask module pylorenzmie.analysis.Trajectory module

pylorenzmie.lib.Azimuthal module pylorenzmie.lib.CircleTransform module pylorenzmie.lib.LMObject module pylorenzmie.lmtool.FitWidget module pylorenzmie.lmtool.ImageWidget module pylorenzmie.lmtool.LMTool module pylorenzmie.lmtool.LMWidget module pylorenzmie.lmtool.OptimizerWidget module pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget module pylorenzmie.lmtool.ProfileWidget module pylorenzmie.theory.Aberrated module pylorenzmie.theory.Cluster module pylorenzmie.theory.cupyLorenzMie module pylorenzmie.theory.Dimer module pylorenzmie.theory.Instrument module pylorenzmie.theory.LorenzMie module pylorenzmie.theory.numbaLorenzMie module pylorenzmie.theory.Particle module pylorenzmie.theory.Sphere module pylorenzmie.utilities.example_hologram module pylorenzmie.utilities.h5video module pylorenzmie.utilities.normalizer module pylorenzmie.utilities.vmedian module pylorenzmie.utilities.water module

R

r_0 (pylorenzmie.theory.Particle.Particle property) r_p (pylorenzmie.theory.Particle.Particle property) RadialMask (class in pylorenzmie.analysis.RadialMask) radius() (pylorenzmie.lmtool.ImageWidget.ImageWidget method) (pylorenzmie.lmtool.ProfileWidget.ProfileWidget method) radiusChanged (pylorenzmie.lmtool.ImageWidget.ImageWidget attribute) range() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) readBackground() (pylorenzmie.lmtool.LMTool.LMTool method) readHologram() (pylorenzmie.lmtool.LMTool.LMTool method) rect() (pylorenzmie.lmtool.ImageWidget.ImageWidget method) refractiveindex() (in module pylorenzmie.utilities.water) refreshPreview() (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget method)

report() (pylorenzmie.analysis.Optimizer.Optimizer method) reset() (pylorenzmie.utilities.vmedian.VMedian method) residuals() (pylorenzmie.analysis.Feature.Feature method) result (pylorenzmie.analysis.Optimizer.Optimizer attribute) (pylorenzmie.analysis.Optimizer.Optimizer property) Result (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject attribute) results (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame attribute) (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame property) Results (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject attribute) rewind() (pylorenzmie.utilities.h5video.h5video method) robust (pylorenzmie.analysis.Optimizer.Optimizer property) roiChanged (pylorenzmie.lmtool.ImageWidget.ImageWidget attribute)

S

saveJson() (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget method) saveParameters() (pylorenzmie.lmtool.LMTool.LMTool method) saveResult() (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget method) saveResultAs() (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget method) scattered_field() (pylorenzmie.theory.Aberrated.AberratedLorenzMie method) (pylorenzmie.theory.LorenzMie.LorenzMie method) setConfig() (pylorenzmie.lmtool.LMWidget.LMWidget method) setData() (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget method) setDecimals() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) setFixed() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) setPrefix() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) setProperty() (pylorenzmie.lmtool.ProfileWidget.ProfileWidget method) setRange() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) setRobust() (pylorenzmie.lmtool.LMTool.LMTool method) setSetting() (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget method) setSettings() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) setStep() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method)

setSuffix() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) setText() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) settingChanged (pylorenzmie.lmtool.OptimizerWidget.OptimizerWidget attribute) settings (pylorenzmie.analysis.Optimizer.Optimizer property) settings() (pylorenzmie.lmtool.OptimizerWidget.OptimizerWidget method) (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) setValue() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) shape (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame attribute) (pylorenzmie.analysis.Frame.Frame property) (pylorenzmie.analysis.Mask.Mask attribute) (pylorenzmie.utilities.h5video.h5video property) (pylorenzmie.utilities.vmedian.VMedian property) showEvent() (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget method) shutdown() (pylorenzmie.lmtool.FitWidget.FitWidget method) Sphere (class in pylorenzmie.theory.Sphere) std() (in module pylorenzmie.lib.Azimuthal) step() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) suffix() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method)

T

text() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) theta (pylorenzmie.theory.Dimer.Dimer attribute) to_csv() (pylorenzmie.analysis.Trajectory.Trajectory method)

to_json() (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject method) to_pandas() (pylorenzmie.lib.LMObject.LMObject method) Trajectory (class in pylorenzmie.analysis.Trajectory) transform() (pylorenzmie.lib.CircleTransform.CircleTransform method)

U

uiFile (pylorenzmie.lmtool.LMTool.LMTool attribute) (pylorenzmie.lmtool.LMWidget.LMWidget attribute) undoEstimate() (pylorenzmie.lmtool.LMTool.LMTool method)

update() (pylorenzmie.analysis.Mask.Mask method) (pylorenzmie.theory.Cluster.Cluster method) update_positions() (pylorenzmie.theory.Dimer.Dimer method)

V

value() (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget method) valueChanged (pylorenzmie.lmtool.ParameterWidget.ParameterWidget attribute)

variables (pylorenzmie.analysis.Optimizer.Optimizer property) VMedian (class in pylorenzmie.utilities.vmedian) vmedian (in module pylorenzmie.utilities.vmedian)

W

wavelength (pylorenzmie.theory.Instrument.Instrument attribute), [1]

wavenumber() (pylorenzmie.theory.Instrument.Instrument method) wiscombe_yang() (pylorenzmie.theory.Sphere.Sphere static method)

X

x_0 (pylorenzmie.theory.Particle.Particle attribute), [1]

x_p (pylorenzmie.theory.Particle.Particle attribute), [1] x_p() (pylorenzmie.lmtool.ImageWidget.ImageWidget method)

Y

y_0 (pylorenzmie.theory.Particle.Particle attribute), [1]

y_p (pylorenzmie.theory.Particle.Particle attribute), [1] y_p() (pylorenzmie.lmtool.ImageWidget.ImageWidget method)

Z

z_0 (pylorenzmie.theory.Particle.Particle attribute), [1]

z_p (pylorenzmie.theory.Particle.Particle attribute), [1]